Научно-исследовательская деятельность – залог успеха любого вуза, это визитная карточка университетского образования, а статус филиала ведущего классического университета России повышает значимость этой деятельности многократно. Научно-исследовательская работа проводится отдельными преподавателями университета, на четырнадцати кафедрах и в двух научных лабораториях, которые, основываясь на имеющихся традициях, формируют новые школы и научные направления. В рамках научных направлений за последние годы защищено более 20 кандидатских и две докторские диссертации.

Порядок организации и проведения научной работы регламентируется следующими документами: положением о научно-исследовательской работе филиала, положением о научно-исследовательской работе студентов, положением о работе научных студенческих кружках, перспективным и годовыми планами научно-исследовательской работы (НИР); годовыми отчетами о НИР и т.п.

Порядок организации и провового потенциала действуют комплексно-целевые программы «Кандидат наук» и «Доктор наук», в рамках которой оказывается финансовая, организационная поддержка ученых, оказывается помощь в публикации научных трудов.

В 2008 году филиалом зарегистрирован свой научный журнал «Региональный экономический журнал».

В филиале ежегодно проводятся научно-практические конференции различного уровня. Доброй традицией стало проведение ежегодной Республиканской научно-практической конференции «Наука, технологии и коммуникации в современном обществе», с 2010 года она проводится с международным участием.

Преподаватели и соискатели филиала ежегодно принимают участие в различных конференциях, конкурсах и грантах. Для преподавателей филиала проводится ежегодный конкурс «Лучшее печатное издание года».

В филиале действует аспирантура по пяти направлениям.

В целях популяризации науки и знакомства первокурсников с формами научно-исследовательской работы в филиале ежегодно проводятся «Университетские чтения», где молодые преподаватели-выпускники филиала знакомят студентов со своими научными исследованиями. Студенты филиала развивают свои творческие способности, совершенствуют знания и навыки в научных кружках, участвуют в работе научных мероприятий различного уровня, выезжают в Москву, Санкт-Петербург и другие города, США, Германию. Ежегодно в стенах филиалах проходят такие мероприятия, как Итоговая студенческая конференция, конкурс студенческих научных работ, студенты становятся стипендиатами различных студенческих конкурсов. Для студентов филиала учреждены две собственные стипендии за высокие достижения в научно-исследовательской деятельности отличную успеваемость: стипендия ректора и стипендия депутата Госдумы ФС РФ О.В.Морозова.